无尽的拉格朗日中运输船有基础自卫能力，但防御强度低、功能受限，无法承担正面作战任务，仅能应对小型单位袭扰，实战必须依赖护航编队。
游戏里主流运输船分为两类，一类是工程运输船，如X8、X10、X20，这类舰船完全舍弃武装，仅保留基础轻型装甲，核心功能是仓储与资源运输，面对任何敌对火力都极易被摧毁，毫无反击能力。另一类是武装运输驱逐舰，以AC721重型运载型和迅捷级武装运输船为代表，具备有限自卫火力与基础装甲，是前期资源运输的主力。AC721运载型配备3门SG-2275C舰炮与4门SG-3308/D防空炮塔，装甲为AC-20轻型通用装甲，能对近距离小型舰船或战机造成轻微伤害，但火力孱弱、无闪避能力，装甲仅能抵御轻型武器攻击，遭遇驱逐舰及以上舰船时会快速被击穿。迅捷级武装运输船则搭载FG-2283型双联装快速火炮与AC-40中型装甲，自卫火力略强，可应对少量护卫舰，但面对主力舰仍不堪一击。
运输船的防御短板在实战中极为明显。它们普遍航速偏低，AC721基础航速仅850，X20大型工程船航速更慢，难以规避敌方火力追击。同时，其武器系统仅能覆盖近距离，防空范围狭窄，无法有效抵御护航艇、战机编队的突袭，面对导弹与鱼雷等制导武器时，几乎没有拦截能力。更关键的是，运输船的装甲模块仅为基础配置，未强化防御属性，耐久度极低，一旦被集火，短时间内就会被击毁，导致运输资源全部损失。
针对运输船防御薄弱的问题，实战需采用针对性配置与战术。编队时必须搭配护航舰艇，新手阶段可选择卡利莱恩护卫舰、诺玛M470驱逐舰，成本低且能提供基础防空与反舰火力，保护运输船安全。长途运输或穿越危险星系时，建议组建由1-2艘防空驱逐舰+数艘护卫舰组成的护航编队，优先清除敌方战机与小型舰船，为运输船开辟安全航线。蓝图升级方面，运输船优先点满仓储与引擎模块，提升运力与航速，防御模块仅需基础强化，无需投入过多资源，核心防御任务交给护航舰承担。可利用前哨站建立中转节点，缩短运输距离，减少暴露在危险区域的时间，进一步降低被袭击风险。
运输船的定位是资源流转工具，而非战斗单位，其有限防御仅能作为应急自保手段，不能替代护航体系。玩家需明确分工，将运输船与战斗舰编队合理搭配，才能在资源运输中兼顾效率与安全，避免因舰船损毁导致资源流失与发展停滞。
