火影忍者手游中的秘境入口主要分为等级解锁、任务解锁和特殊条件解锁三种方式。大多数普通秘境和英雄秘境通过玩家等级自动开放，当等级达到系统要求时，新秘境会直接出现在忍者挑战界面中。部分特殊秘境需要完成特定剧情任务或副本挑战才能激活，这类任务通常与主线剧情推进相关联。还有少数秘境需要收集特定道具或达到指定战斗力数值才会开放，例如需要集齐一定数量的符文或抗魔值达标。秘境入口位于游戏主界面右侧的忍者挑战板块，滑动至页面右半部分即可找到，部分限时活动秘境则会在游戏右上角的活动页面临时出现。
幻之秘境作为特殊活动副本，其入口仅在限时活动期间开放，需通过主界面右上角的活动按钮进入。尾兽秘境则需要玩家等级达到110级才会显示入口，该秘境分为两个阶段，第一阶段需应对二位由木人的能量条机制，第二阶段需躲避鼠玉攻击并利用气旋秘卷辅助通关。团队秘境必须组队进入，系统会根据队伍平均等级自动匹配难度，且队员不能选择相同忍者。每日凌晨5点系统会刷新秘境挑战次数，同时轮换七种主题秘境（水牢、雷霆、阴阳、烈焰、毒风、罡体、落岩），每周一重置全部秘境进度。
秘境进入存在明确的战力与抗魔值双重门槛。以毒风秘境为例，简单难度需349051战力和2780抗魔值，修罗难度则要求655340战力和4500抗魔值。抗魔值不足会导致副本敌人获得额外强化，烈炎秘境简单模式虽无抗魔要求，但推荐战力仍需达到124819。系统会检测玩家当前装备的饰品属性，抗魔值由饰品套装提供，需通过反复刷取低难度秘境积累基础装备。每日首次手动通关后可使用挑战券扫荡，勾选奖励翻倍将消耗双倍次数但获得双倍掉落。
组队秘境存在特殊机制限制，两人组队可获得属性加成BUFF，但必须选择不同忍者出战。系统优先匹配相近战力的玩家，若手动组队则强制要求队员抗魔值达标。秘境中设有魔力压制系统，当队伍整体抗魔值低于标准时，所有敌人攻击力和防御力会按比例提升。部分秘境如罡体模式需要特定类型忍者，推荐使用具备抓取能力或奥义无敌的忍者如宇智波鼬系列。阴阳秘境则强制要求队伍中包含至少一个拥有抓取技能的忍者。
隐藏秘境入口需要满足复合条件，除基础等级外还需完成前置成就。风遁主题秘境要求队伍中包含风属性忍者如天天，雷之谷秘境需携带雷遁系忍者才能触发隐藏机关。部分隐藏入口存在时间限制，需在特定时段或通关时间内触发。探索隐藏秘境可获得秘卷碎片、秘银矿石等稀有材料，这些资源在账号交易市场中具有较高价值。反复挑战同一秘境时，系统会记录最佳通关数据，用于解锁更高阶的隐藏难度。
