元气骑士的武器合成系统提供了丰富的玩法深度，2024年感恩节版本新增了多组强力合成武器组合。强力分裂者与绿色响尾蛇可合成蝰蛇，攻击时子弹会爆开并附带跟踪效果、暴击和毒伤；光剑红与光剑蓝合成光剑紫，具备普攻和蓄力两种模式，蓄力后可扇形扫射；火箭筒与冰川组合成冰爆，炸裂后在地面残留冰屑；雪狐系列与弩能合成灰狐双联发弩。这些合成武器在实战中能显著提升战斗效率，但需注意大厅区域无法进行武器合成。
游戏内存在四种特殊合成机制，其中喷漆配件合成最具特色。法杖、精致法杖、左轮等武器搭配黄金喷漆可升级为黄金版本，织网者与蓝色喷漆合成剧毒织网者，加特林配蓝色喷漆则变为蓝火加特林。喷漆配件可通过感叹号房间的配件商人打造，或在大厅用配件兑换券兑换。食品类武器与便携式烤炉配件结合会产生熟制食品，如萝卜烤制后恢复2点生命值，这类合成在续航方面具有独特价值。
光剑系列合成遵循特定规律，红、蓝、绿三色光剑的搭配存在互斥关系。合成光剑土豪金需要预先获取图纸，并集齐三把不同颜色的光剑。实际操作中需利用骑士的火力全开技能，在技能持续期间捡起肥料以保持三武器状态，进入地牢后通过合成旋涡按钮完成最终合成。两把光剑如红与蓝可直接合成为光剑紫，这种合成方式相对简单且效果稳定。
赛季更新为合成系统增添了新元素，机械狂潮版本引入芯片升级机制，重复获取芯片可提升精炼属性等级。击败燃料房BOSS有概率掉落芯片，赛季商店也提供赛季补给箱获取途径。武器进化系统允许白色初始武器通过时间机器或进阶套件升级为绿色品质，种在花圃的植物经反复浇水能进阶为高阶形态，这些机制共同构成了多元化的武器成长体系。
合成武器的实战价值体现在属性叠加与特效组合，如雷剑融合冰霜剑与火焰剑的特性，能发射范围闪电；黑洞导弹炮结合虚空剑的吸引效果与飞弹伤害；魔法弓则继承英雄弓与风之弓的追踪特性。但需注意合成后武器攻击方式可能改变，需根据操作习惯谨慎选择。工匠配件如时间胶囊和反应堆也能模拟合成效果，为战术选择提供更多可能性。
