少年三国志的阵容相克机制主要基于兵种特性和流派搭配两大核心要素。游戏中的六大兵种（盾兵、步兵、轻骑、重骑、弓手、谋士）通过属性克制形成基础战术框架，例如盾兵能有效抵挡骑兵冲锋但惧怕步兵破甲，轻骑对后排弓手和谋士具有60%暴击率加成但需规避与盾兵正面冲突。这种设计使得布阵时需要综合考虑敌方兵种分布，通过前排抗伤、中排输出、后排辅助的经典战阵结构实现攻防平衡。兵种间的克制关系并非绝对数值压制，而是通过暴击率提升、护甲穿透等动态机制体现策略深度。
流派系统进一步丰富了阵容相克的策略维度。不同于传统缘分系统，流派强调战中动态效果，例如野兽流通过召唤生物随时间增强战力，黄天当立流派则依靠持续法术干扰敌方阵型。当多个流派组合时会产生质变，如黄天当立与野兽流叠加形成的通灵流派能同时具备控场和爆发能力。这种设计使得玩家不能仅凭武将品质决定胜负，必须根据敌方流派特点调整己方阵容，例如面对召唤流需优先击杀核心施法单位，对抗护盾流则需配置破甲武将。
军师技能是打破阵容相克僵局的关键变量。军师技能可手动释放的特性使其具备扭转战局的能力，例如在敌方轻骑突进时使用冰冻控制，或在我方前排濒危时施加群体护盾。由于军师技能不受兵种限制，其效果往往能跨越常规克制链发挥作用，这就要求玩家在预判敌方战术的基础上灵活运用军师技能。军师技能存在冷却时间和资源消耗，过度依赖可能导致战术漏洞。
武将羁绊和特殊技能构成了阵容相克的隐藏层级。虽然游戏取消了传统缘分系统，但特定武将组合仍能触发战术联动，例如吴国弓手甘宁的狂暴状态与步练师的攻速加成协同可形成爆发输出。这类配合往往需要精确的站位安排和时间把控，例如将增益型武将部署在输出核心相邻格位，或控制破甲技能与高伤害技能的释放间隔。这种微观层面的相克关系需要玩家通过实战不断积累经验才能熟练掌握。
实战中有效的阵容相克需要动态调整战术。由于战场形势瞬息万变，固定的兵种克制表只能作为基础真正的战术优势来源于对敌方阵容弱点的实时判断。例如当敌方重骑突破前排时，及时将轻骑调至侧翼截击往往比固守原阵型更有效。游戏中的16格自由布阵系统为这类临场应变提供了充足空间，但同时也要求玩家对各兵种移动速度和攻击范围有清晰认知。这种强调实时决策的设计大幅提升了策略对抗的深度和可玩性。
