水军的主要作战范围集中在近海与内河流域，无法进行真正意义上的远洋作战。游戏中的水域设计以长江、汉水等内陆水系为主，辅以部分近海区域，整体地图的水域覆盖率约为30%，符合三国时期的历史地理特征。水军作战的核心围绕船只改装、水军适性提升和战术指令展开，这些机制均服务于区域性水战需求，而非跨洋远征。
船只改装系统是水军作战的基础，玩家通过建造水寨解锁改装功能，可选择提升移动速度、伤害输出或兵力恢复等特性。改装方向需根据作战场景灵活调整，例如行军时选择神行特性，攻防战时切换为强攻特性。这种设计强化了水军在区域作战中的适应性，但改装效果仅限于当前水域，无法支持长距离航行所需的续航能力。
水军适性决定了武将在水战中的表现，初始适性较低的武将可通过操练提升至S级。适性等级直接影响属性加成，S级适性提供5%全属性增益，而C级适性会导致5%属性削弱。适性系统进一步限制了水军的作战范围，因为高适性加成本质是为特定水域的攻防服务，缺乏对远洋环境的特殊适配机制。
水战指令系统包含焚舟、渡江、接舷等战术动作，消耗体力触发特定状态。例如焚舟可提升5.5%伤害但额外损失伤兵，渡江能获得隐身和先攻效果。这些指令的触发条件与水域地块绑定，无法在无水域连接的远洋区域使用。游戏还设计了水军营地作为水上据点，提供迁城和调动功能，但其作用半径仍局限于区域性水网。
从历史背景来看，三国时期的水军主要承担江河防御与短途运输，缺乏远洋航海的技术条件。游戏忠实还原了这一设定，水域作战始终围绕资源争夺与据点攻防展开。玩家可通过占领渡口、水军营地等关键节点控制水道，但无法实现跨海域的战略扩张。这种设计既符合历史逻辑，也维持了游戏内各势力的平衡性。
玩家需优先优化船只改装、武将适性与指令配合，以此在有限水域内建立战术优势。若追求更广阔的作战空间，需依赖陆水协同的复合策略，而非单纯的水军扩张。
